確認のアラートとは「このスクリプトを実行するには〜」のことだと思うが
cmd+ctrl+#とかでcontrolを押しっぱなしにしてるせいだろう
「初期画面を表示」のチェックを外した.appでも
開く瞬間にcontrolが押されているとそうなる
ショートカット自体を変更するか
正直難しいがcontrolをすぐ離すようにすれば解決だ
ブックマークバーの左から#番目を開くショートカットの
現行のデフォルトは確かcmd+opt+#だから普通は問題ないはずだが
確かに俺もcmd+ctrl+#の環境を見たことがある。理由は忘れたけど
cmd+opt+#が効かない場合などはシス環>キーボードで
ブックマークの名前を使って割り当ててやればよい