System Eventsって、OSが10.9くらいになると、
初めて使う時にセキュリティ設定で許可しないとダメ、とか
面倒なことになってたような…
そのへんで引っかかってはいない？
tell application "System Events"
shut down
end tell
ここだけでちゃんとシステム終了するなら原因は他のところ、
って切り分けができるので、まだやってないなら試してみるといいかも
それが関係なければ、
tell application "System Events" の前にdelay 2（数字は秒数）とか入れてみると
もしかしたらうまくいくかも…
Audio Hijackの終了処理とshut downに入る処理がぶつかっちゃって
うまく動かない、なんてことも考えられるので
ちなみに自分も、iCalのタイマーでApplescriptを起動して
特定の曜日の特定の時間にシステムスリープをする、
ってことをやってるけど、三回に一回くらいは
スリープせずにそのままだったりする…
うまくいったりいかなかったりがあるのは
非常に謎です
