それと、「Skyrim Input Method」を使うと、特定の操作の時にWASDキーやマウスクリックなどの操作を受け付けなくなるのですが、同様の症状が出ている人や、症状から原因が分かる人はいますか？

特定の操作というのは、例えば「Where are you?」でコンソールを出して閉じた後や、マップ画面で検索→フィルターから場所を選択→閉じる、などの操作です
この現象が起きてもなぜだか解消されることもあり、例えば、解放イベントでSkyrimマップに出た直後にその状態を作り出して操作を受け付けない状況になっても、解放クエストが更新された瞬間に元通りになったこともあって、ほんとに何だかよく分からない現象が起きています。