選帝侯を攻めると結構なペナルティを喰らったはずです。
お勧めは、選帝侯領が敵に取られるor滅亡するまで待って都市を攻め取ることです。
その時に選帝侯に返還するを選べば、滅んでいても復活して恩も売れます。
NPCでいてくれる方が外敵との緩衝地帯になるし、交易とか結べば金づるになるんで、
あとはこれ繰り返して服属度上げて合併でいいと思います。
でもマリエンブルグはどうだったかな…3だとバロウレギオンが攻めてくれるんだけどな?
勝利条件に軍事同盟とあるのは、ドワーフとかが占領した時用じゃないでしょうか。