モンゴリアンスタイルちょっと試してみたけど
Joy to Keyに十字キー->WASDだけ設定して、Noitaのオプションの入力>ゲームパッドをオフにしたらいけたよ
特に細かい設定はしてないつもりだけど環境の違いでうまく行かない感じなんだろうなあ