>>46
セーブファイルは消去してしまったので、完全な再現はできませんが、とりあえず至高の帝国を取る直前の状況を用意して検証してみました。
1：ZoFE本体とJPパッチのみの場合
問題なし
2：ZoFEのsubmodを半分ずつ適応してどれに原因があるか調べる
Ancient Cache of Technology(以下ACoT)を入れた時のみ不具合が発生する。
3：ZoFE本体とACoTのみ（JPパッチ無し）
問題なし

以上からACoTとJPパッチの間に何らかの原因で不具合が発生しているものと思われます。
原因はまだ分かりませんが、引き続き調べてみたいと思います。