長文になって恐縮だけど、
前スレ>>603や>>736でGルートクリアフラグの扱いについて聞いてる人が居たので
試行錯誤してみた結果を書いておく（Windows10）

結論から言うと、おそらく現在のSteamバージョンでは
Gルートクリアフラグの完全な消去は
Steamアカウントを作り直すくらいしないと無理っぽい。
なぜならSteamクラウドにGルートクリアフラグが保存されていて、
Steamクラウドにつなぐと自動的にそのフラグが復活させられるっぽい。

パソコン内にあるローカルセーブは
「C:\Users\（PCのユーザー名）\AppData\Local\UNDERTALE」
フォルダにある。
（仮に「ローカルセーブフォルダ」と呼ぶ）

これとは別に、Steamクラウドから送付されるセーブデータが
「C:\Program Files (x86)\Steam\userdata\[SteamのユーザーID]\391540」
フォルダに保存される。
（仮に「クラウドセーブフォルダ」と呼ぶ。）
Gルートフラグを立てた状態だと、このクラウドセーブフォルダ内の
「remotecache.vdf」
というファイルに
「"system_information_962"」
という値が書き込まれている（このファイルをメモ帳などで開くとわかる）

そして、ローカルセーブファイルおよびクラウドセーブフォルダを完全に削除してから
Steamからゲームを起動すると、名前選択画面から始まって
まるで完全にセーブデータが消えたかのように見える。
だがゲームをいったん閉じてクラウドセーブフォルダを見ると
「remotecache.vdf」のファイルがまた作成されており、
その内部を覗くと「"system_information_962"」の値がそのまま残っている。
つまりGルート通過の記録はクラウドに保存されており、ゲーム起動のたびにPC内に戻ってくる。