ミサイルはシールド削りきる前から装甲や船体値にダメージ狙えるから
じつは実弾系と組んでも結構相性がいい…気がする

会戦直後に長射程実弾とミサイルの飽和攻撃を浴びせ
開幕からシールドと装甲を破壊しあわよくば船体まで削って発射レートを落とす
そして弱ったところにオートキャノンとミサイルでとどめを刺す

アークエミッターやディスラプターもいいけど乱数に左右されるし
船体値高い大型相手だとディスラプターの削りは控えめだからなぁ
個人的にはギガキャノン&ミサイル編制をお勧めしたい
レーザーやプラズマキャノン装備も少量添えるとより効果的、バランス艦隊っぽくなるけど