自分はID「47835」以降について、XMLを直接編集してズレを解消しましたが、
直した箇所は数十箇所ありました。

作業所のシートからどのようなロジックでXMLが作られてるのか分からないのと、
意訳が複数消えているのが嫌で、しばらくPakeasierで更新をしていないために
作業所のシートが同じようにズレているのかは不明ですが、何かオカシイのかも
知れません。

傾向としては、意訳と機械翻訳がそれぞれで２行になってしまい、それでズレて
いるのが多い印象を受けました。なにか手がかりになればと思います。