昔は差分式にしてたMODも最近じゃ丸ごと差し替えにしてるのが多いし、
本体の仕様が微妙に変わったんじゃないだろうか？

多少ましな方法としてはcrisis_events_2.txtの crisis.1000をコメントアウトにしたものと、
改造したcrisis.1000を書いた別ファイルの2つを組み合わせる形にするとか。