IIIのデータ上にはIIの人物も存在しますが、実際はゲーム上には登場しません
セーブデータを改変すれば登場させられますが、
デフォルトで彼らが登場するようにEXEをいじってみました
彼ら専用の特別なセリフやイベントがあるわけではないので、
酒場などで会えるようになるだけですが

◆大航海時代2の人物を登場可能に
(新規ゲーム開始後のみ有効。途中からの場合はセーブデータの改変が必要)
CDS95.EXE
[1.1.0.0]
0002ECDD: BF 00 00 00→C7 00 00 00
0002F993: BF 00 00 00→C7 00 00 00
[1.2.2.0]
0002EDCD: BF 00 00 00→C7 00 00 00
0002FA83: BF 00 00 00→C7 00 00 00
[1.2.7.0]
0002D7AD: BF 00 00 00→C7 00 00 00
0002E463: BF 00 00 00→C7 00 00 00
[1.3.1.0]
0001193D: BF 00 00 00→C7 00 00 00
000125F3: BF 00 00 00→C7 00 00 00
[1.4.0.0]
0007140E: BF 00 00 00→C7 00 00 00
0007207A: BF 00 00 00→C7 00 00 00