＞JR西日本の公式説明によれば、「サンダーバード」 (Thunder bird) は、
＞アメリカ先住民族のスー族に伝わる神話に登場する雷光と雨を起こす巨大なワシに似た空想上の鳥であり、
＞これに由来して命名されたものとしている。

これに加えて「雷、鳥」とかけたシャレじゃないかなとは個人的には思ってるが
公式発表がこうである以上、それ以上は想像でしかないわな