JR西日本が米原ルートを避けたいのは当然です。米原〜新大阪間がJR東海になるので、JR西日本の収入が減るうえに、JR東海との兼ね合いで北陸新幹線のダイヤが自由に組めなくなるからです。
JR西日本としては、フリーゲージトレインさえ完成すれば、関西と北陸を直結できます。フリーゲージトレインなら新大阪駅でなく大阪駅まで乗り入れることもできますし、関西空港への直通列車を走らせることもできます。
湖西線の採算性も高いまま維持できるでしょう。 そう考えると、米原ルートができるよりも敦賀止まりのほうが、JR西日本には都合がよさそうです。
他のルートも含め新大阪まで新幹線ができるより、フリーゲージトレイン乗り入れのほうが有利とさえいえるかもしれません。

「敦賀止まりでいい」が本音？

フリーゲージトレインの技術はまだ確立していませんが、実用段階が視野に入ってきたのは確かです。
全くの想像ですが、それを踏まえて、JR西日本としては、フリーゲージトレインを使った運行形態が、関西〜北陸の最適解と判断している可能性があります。
極論をいえば、米原ルートが完成してもフリーゲージトレインを使った湖西線直通列車を残すこともありえます。
米原経由の新幹線も、湖西線経由の在来線も、大阪〜敦賀の所要時間の差はそれほど大きくはなりません。
大阪駅直通ならそのほうが便利、と考える利用者もいるでしょうから、「新在直通」の需要は残るでしょう。

わかりやすくいえば、北陸新幹線は敦賀で終わりでいいんじゃないの？　というのが、真鍋社長の本音なのかもしれません。

http://tabiris.com/archives/hokuriku-shinkansen-4/