カスタマーセンターにモバイルsuicaの紐づけが脱法行為じゃないか心配になって今電話したわ。
結論としては利用自体に全く問題なし。

3Dセキュアに対応しているクレジットカードと全く同じ使い方ができるので安心して欲しいとのこと。確定フラグが立つのが遅くなるのは仕様だから気にしなくていいみたい。