容疑者と親交のない女の体内から精液が検出されればレイプの証拠としては十分だからな。
レイプ犯を放置すると新たな被害者が出る恐れがあるから、女のプライバシーよりも犯人逮捕を優先することにしたんだ。

プライバシーが守られないというが、捜査機関や裁判所に対してだろ。悪用されるわけじゃなく正しい目的のために必要なのだからプライバシーを差し出せってことだよ。
膣の中に精液が残ってないかや性器を傷つけられてないか、下着を破られてないか等が調べられるのだろう。

人権が認められるのは公共の福祉に反しない限りであって、公共の福祉の前に全ての人権は制限される。
人が衣服で身体を隠す権利も人権のひとつだが、公共の福祉（犯人逮捕もその一つ）のために必要があれば、
裁判所が発令する身体検査令状によって、被害者だとか女性だとかは関係なく衣服を全て外されて証拠物の発見をやるんだよ。