まとめると消えるファイルは

デスクトップなどの実体ファイル置場をOneDriveに変更したときにOneDriveに実体ファイルの移動を「いいえ」にして移動しなかったファイル

OneDriveクライアントの古いバージョンで「自動保存」機能を使った場合、自動保存を実行する前に作成されたファイル

デスクトップなどの実体ファイル置場をデフォルトのCのユーザーフォルダから別ドライブなどに変更した場合に移動が完了せずユーザーフォルダにフォルダが残っていたファイル