問題はテスト手法だろ。
報道だけでは詳しくは判らんが一般論でいうと。

膨大なテストケースを要求して、見積と合わなくなった。
本来単体テスト・結合テストでやるようなプログラムに沿ったテストをこのフェーズでやるように要求してきた。

こんなとこじゃないか。