今回の事象に関してはシステムがどうこうというよりは、スイッチング支援システムの熊本電力アカウントをフラワーに不正に使われたことがマズかったと思う。

スイッチングの流れとしては、切替後の電力会社から切替元の電力会社に「切替の依頼があったから、電力供給停止の手続きしてくれ」という依頼(廃止取次)がスイッチング支援システムを介してかかる。
切替元の電力会社で依頼を承認しなければ手続きは進まないけど、今回はフラワーに熊本電力のアカウントか乗っ取られてたから、フラワー側で勝手に承認できちゃったんだろうな。