あの時の流れを整理すると
つばめのんが解除→神楽めのん展開→神楽めのん解除、エリカめのん展開・蒸着
って流れだから原初さんは解除されたつばめのんと一緒につばめに戻ったはず

そのまま蒸着だからつばめの中の人格として原初さんがいるって状態になったのでは？
オリジナルとアバターの主従が逆転するという稀な事態だけど、
神楽もエリカもつばめが表に来ることを意図してただろうし、蒸着した時にその関係で固定されたんじゃない