無理矢理解釈するなら

・伊緒が推薦されるチャンネルAとされないチャンネルBが元々あった
・ミラも始めはAにいた
・何かのタイミングで意識のチャンネルがBに切り替わった
・(yu-noのカオスの矯正的なアレで)意識の記憶もBの世界のもので上書きされた
・宝玉とその記憶は五次元空間のものなのでそのまま維持された

だいたい何で別チャンネルにいたことにしたんだろう
侵攻が始まる時期と生徒会選挙の時期がカブってしまうから辻褄合わせのためか
ほたるや夕依がよく戻ってるような表現してしまったからその辻褄合わせのためか