少なくともNxX 2.4.10.Xでは、圧縮ファイルのファイルリストキャッシュはビューア起動の前段階（つまりサムネ生成時）で既に保存されてるね
つまり、ファイル一覧画面でのサムネ生成処理は各種ソート処理の影響下にある

コードを見てないのでよくわからないけど、もしもサムネ生成時のファイルリスト取得時にソート処理がスキップされている（サムネ生成用として軽量版を走らせるなどの工夫を図っている等）としたら、そのファイルリストをキャッシュとして保存してしまうのはマズい気がする
スキップせずビューア起動時と同様にソート処理されているのであればキャッシュ保存は問題はないけど、その場合「先頭ファイル名のサムネイル作成」は事実上参照されない（ON時の振る舞いを強制される）ことになる