Managerでソース設定が合ってるのにSelect applicationでNo applications foundになる場合は、大抵はGitHub APIのレート制限に引っかかってるのが原因
https://i.imgur.com/P8Hqimp.jpg

Managerは1.6.xくらいから欠陥でやたらリクエスト送るせいでレートリミットに引っかかりやすくなったんよ
レート制限は1時間で60リクエストまでだけど、一回Manager起動すると8リクエストくらい送るから試行錯誤してると引っかかりやすい
こうなったら解除されるまで数十分待て