mp3とかの不可逆圧縮とちがい、元のデータに戻せる可逆圧縮だから
大きくなるのは仕方ないんじゃないかな。
ソースが無圧縮wavにして、ソースと比較する分にはそれないりに小さいのではないかと。
というかmp3をFLACに変換するのってFLACしか再生できないプレイヤーをどうしても使いたい以外には
無意味なんじゃないのかなあ。