初期ロム(Android6)に戻す方法なら確立されてるよ
TWRPで取ったバックアップに/dataを書き戻す方法は知らないけど

まずTWRPを焼いてoeminfoをSTOCKのものに戻す
ブートローダーが再ロックされるので改めて解除したあと
d-01JのSTOCK RECOVERYとRECOVERY2をfastbootで焼く

これでdloadが実行できる準備が整うので
その後まずはM3のダウングレード用中継ファイルでdloadし、
最後にSTOCKのAndroid6ファイルでdloadする