APIが全く別物だから互換性はないよ
Developing Zygisk Modules
https://github.com/topjohnwu/zygisk-module-sample
Riru-ModuleTemplate
https://github.com/RikkaApps/Riru-ModuleTemplate/blob/master/README.md#api-changes
alphaの方も本家と同じ最新コミットベースでビルドして昨日アプデしたけど共存不可に戻った
1個か2個前のビルドは共存出来るから取りあえず戻したわ