今のところAndroidに未読数をホームアプリに伝える仕様がない以上限界があるだろ。

Novaの未読数カウントはAndroidの通知ドット機能と今ある通知を読み取って数を表示する機能を併用しているだけ。
通知を読まずに消してしまうとNova側からだけではそれ以上追跡することは不可能。