別にexFATの方が互換性は高いけど、専用フォーマットとか称してext4とかのフォーマットも使えるようにすりゃいいんじゃないの?
あっちはファイルシステムのドライバ普通にあるだろ?
4GBOverのFAT32だってMicroSDカードの標準じゃどーせないんだしよw