>>826
・設定でアプリ一覧を開く
・右上のメニューで「システムを表示」
・ミュージックとメディアストレージを初期化
(アプリ情報>ストレージ>データを削除)
・両アプリ初期化したら端末を再起動

アプリというよりAndroidのバグ
バックアップアプリでファイルを操作しているタイミングでメディアスキャンが働いて登録に不整合が起きた