解決しました

原因はドルフィンブラウザ
機種変更した際バックアップを復元する訳ですが、
ダウンロード履歴もそのまま復元されてしまう訳で、これが空のフォルダを作成する原因になっていました
ダウンロード履歴を全て削除し、空フォルダも削除して再起動したところ復活する事は無くなりました