868だけど、解決策わかりました
MP3tagでメタデータを見たところ、UNSYNCEDLYRICSではなく新たにLYRICSというのが作成されてそこに歌詞が入っていました。
それで別ファイルでMP3tagでLYRICSに歌詞を追加してPhonographで再生したところ、無事に歌詞が表示されました
どうやらFLACの場合は歌詞を入れる場所がMP3と違うみたいです・・・