自分的に欲しい機能や変更出来る設定が一番多いからatok使ってるけど、それぞれの良い所が全部使えるIMEがあればなあ…
テンキーをメインで使ってる個人的見解の駄文ですまん

atok
良い所
BSでの各種削除
入力途中で間違いに気付いて戻って直した所でカーソルを最後まで持って行かなくてもその候補が出る
ひらがなと数字・キーボードマークでqwertyと一回で切り替えたいのに出来る
テーマに自作が使える
qwertyの種類が複数ある
「や」などの空きの割当が出来る
悪い所
テンキー下段の下フリックが使えない
濁点や小文字に一回で出来ない
フラワーは良いんだがatok入ってない端末では基本的にテンキーのフリックだからフリック拡張型が望ましい
自動かな修飾変換が無い

アルテ（TFSi、TFEi）
良い
濁点や小文字なんかが一度で出来る
下段の下フリック使える
自動かな修飾変換ある
ひらがなと数字・qwertyが一度で変更出来る
悪い
入力途中に間違いに気付いて直しても最後まで戻さないと候補が出ないのが面倒

クラゲ（フリック強化）
良い
ひらがなと数字・qwertyが一度で変更出来る
次に使う「いうんつ」を簡単に入力出来る
カーソルキーで動かせる（ちょっと一気に動き過ぎるので設定欲しい）
「わ」だけは下フリックが出来る
悪い
マッシュルームは使わないので独立キーでは勿体無い
qwertyで数字段が消せない
qwertyの上下で大文字や数字に出来ない
変換候補が二段のみで文字が大きいので画面を無駄に使う（三段で小さくとかしたい）
途中の訂正で（略）
クラゲ配列でだけ八方向フリックが使える

AIU
良い
（）を打つと自動で一つ戻って中から書ける
更新止まってるのでそれ以上は省略

Google
良い
自動かな修飾変換がある
テーマがカスタム出来る
下段の下フリックが出来る
悪い
うっかり地球儀押すと違うIMEにされる
qwertyで大文字固定が出来ない
変換候補の行や文字サイズが変えられない

Galaxy
斜めで数字などが入れられる