音楽ファイルを取得するフォルダを選択出来るアプリ使えばフォルダ分けだけで済むのでは？
他にはそれぞれのプレイリスト(スマートプレイリストならなお良い)を作るとか。これはAndroidでは多少面倒かもしれないけど