1ユーザーとしての個人的な意見だけど
フォルダの構造や格納場所まで弄っちゃうのはどうかなという気持ち
勿論、モデファイ内容的に変える必要があるならやりやすいようにして構わないと思うし
オリジナルの設定ファイル破壊を避けるため階層そのまま親フォルダだけ別名にしたというのもわかる

ただ現状モデファイ主さんが必要と感じてなさそうなのに
いくらAndroidのお作法に則ってないからって外野が変えてくれっていうのはね
どうしても気になるなら自分でビルドしたらいいんじゃないのって思ってしまう