>>919
なるほど。
以下手順を試してみて。

1) PC側のブックマークをエクスポートした後に消去。
2) 919に書いた「スマホのMobile側の操作で...」を実行。(まずはここまでの操作で、スマホ側ブックマーク約1600件をPC側に同期させる)
3) 「2)」の操作によってPC側ブックマーク総数がMobile側と一致したことを確認する。
4) あらかじめエクスポートしておいたPC側ブックマーク約4000件を(PC側で)インポート
5) PC側ブックマーク総数が約5600件になっていることの確認をもって、Mobile→PCへのブックマークのコピー完了。

※まぎらわしいので、この一連の操作は(「同期」と呼ばずに)「コピー」と呼ぶ。

※おそらく、「すべてのブックマークをまとめる(推奨)」を選択した時点においてサーバ側とクライアント側のブックマーク総数が3000件を超えていないこと、、、が同期正常動作の条件なのだと思う。