>>680
自分の環境は
Lightning Launcher v14.2b1 (r2896)/SHARP/S1/7.1.1
なんだけど(>>678便利だよ)
そのようになるのは
- ステータスバーを隠す をオン
- Status bar and content overlap をオフ
この設定で作成したデスクトップ
http://i.imgur.com/gjxGIZv.jpg (1)

この状態から
- ステータスバーを隠す をオフ
http://i.imgur.com/P1KaKTS.jpg (2)
にしたときだけだと思うけどあってるかな?
アクションの Toggle status bar ではそのようなことはおきない(デスクトップに影響しない)から

Status bar and content overlap をオンにすれば確かにデスクトップ全体が下がることはなくなるけどもこういう風になるからね
http://i.imgur.com/6SjGd6Y.jpg (3)

対処としては
- ステータスバーを隠す をオフ
- Status bar and content overlap をオフ
でデスクトップを作り直すか (2)
- ステータスバーを隠す をオン
- Status bar and content overlap をオン
- Lightning actions の toggle status bar を使い、status bar をトグル表示させる
(1)(3)のどちらかのような気がしますが他にも手段はあるかも