>>387
カスタムスクリプトメニューではなくユーザーメニュー(User menu)のことだとしたら
- ユーザーメニューは(特殊な)フォルダ
- ユーザーメニューはドロワー内では使用できない (v12.9+)

1. :
ユーザーメニューを表示した状態で以下のいずれかまたはその他の方法で(ユーザーメニューの)フォルダの設定へ
- フォルダの空きスペースをロングタップしメニューの設定ボタン(上部右端)
- フォルダ内のアイテムをロングタップ / メニューの編集(ペンボタン) / エディットバー下部の設定ボタン(右から3番目)

フォルダの設定 / フォルダのウィンドウ / ボックス :: 中身 をタップ / 普段の色 を変更

2. :
デスクトップの設定 / システムバー の
Navigation bar and content overlap が オン(default) の状態で
ユーザーメニューの高さ <= ナビゲーションバーの高さ になっている

対処 : 以下のいずれかまたは両方
- Navigation bar and content overlap を オフにする
- フォルダの設定 / このフォルダのウィンドウ / 高さ を変更(0または任意)
※レイアウトの横列の設定も留意