>>270
環境(OS ver., デバイスの種類, LL ver., セットアップ内容, ...)によるかもですが
個人的意見 : 現時点で防ぐ方法はない(環境もしくは仕様上の問題 or バグ)

どこかで仕様の変更があったのかもしれませんが、レポートを出してみてはいかがですか？

以下、
Lightning v12.9.1/Nexus 7/Android OS 6.0.1(MOB30P)
において試してみたこと :
1. スタイルの作成
1-1. My Drawer にフォルダを作成しフォルダを開き編集モードへ
1-2. フォルダの設定 / スタイルとして保存 で(フォルダの初期設定のまま)スタイルを保存, 編集モードから戻る
2. スタイルの適用
2-1. フォルダにアプリを1つ移動
2-2. フォルダを開き編集モードからフォルダの設定 / スタイルを適用する でスタイルを適用

結果 :
- 作成したスタイル, 既存のスタイルに関わらず、フォルダ内及びMy Drawer 上から移動させたアプリは消失。
- スタイルは適用されている。

補足 :
- デスクトップ上においても同様