あれからいろいろ実験しましたが、
Stock Recovery+Stock lollipop ROM(rooted)はワンセグ、おサイフ
など含め特に問題なく動きますが、
Deodexするとおサイフ(Felica)がエラー[M430-13-001-0432-003]で終了します。
またSamsung日本語入力がエラー起こします（Google日本語入力に変えれば問題ない）
NFC、ワンセグ、カメラはDeodexでも問題なく動きました。

cm13.0は某所で上がってますが試してません。

>>534
こちらでは最新版(OI4)でもGPS・ワンセグ・NFC(Felica除く)は問題なく動きます。
Odin3 v3.10.7・TWRP2.8.7.0・SuperSU-v2.46です。

>>536
rootで長年使っていますが、rootedでもunrootedでもあまり変わりありません。
しかしながら怪しいアプリを入れた時（乗っ取られたとき）のリスクは
上がるでしょうから、アプリを入れる時には配信元などに十分気をつける
べきです。SuperSU経由でスーパーユーザー権限を許可する時にも
再度確認すべきです。