https://sleepfreaks-dtm.com/for-advance-fl/project-backup/

古い記事だけど参考になるかも。そのやり方だとファイルが見つからないという警告が出ると思う。
オーディオファイルをプロジェクトに紐づけが基本なら、曲ごとにproject bones作ったらよい。
オーディオファイル使い回しが前提の場合、外付けに避難させていたファイルを以前と同じ場所に戻してやれば良さそうだけど、どうなんだろう。